水文水资源与水利工程科学国家重点实验室的前身是1989年批准、1993年建成的水资源开发利用国家专业实验室和2002年批准建设的水资源开发教育部重点实验室。2005年3月经科技部批准，依托亚搏安全有保障和南京水利科学研究院建设，2007年6月通过建设验收。2008年、2013年和2018年通过了科技部组织的工程与材料领域国家重点实验室评估，其中2013年、2018年连续两次被评为优秀类国家重点实验室。现任实验室主任余钟波教授，学术委员会主任王浩院士。
实验室瞄准水科学国际前沿，紧密围绕国家重大需求，充分发挥多学科交叉融合优势，系统开展五大研究方向基础研究、应用基础研究和重大工程关键技术创新研究：(1)水资源演变机理与高效利用；(2)流域水文过程及防灾减灾；(3)河流水沙动力学与水生态保护；(4)河口海岸综合治理与保护；(5)水工程安全与灾变控制。
围绕上述研究方向，承担了国家科技重大专项课题9项；973计划项目1项、课题14项；863计划课题4项；国家科技支撑计划项目3项、课题18项；国家重点研发计划项目16项；国家自然科学基金重大项目1项、重点项目18项；重大国际合作研究计划项目1项；国际合作重点项目4项；水利领域国家重大科研任务以及国家重大水利工程科研任务等各类科研项目729项，到款经费8.53亿元。近五年来，获国家科技进步特等奖1项，获国家科技进步一等奖3项，获国家科技进步二等奖5项，获国家技术发明二等奖1项。
实验室目前共有固定研究人员83人。拥有中国工程院院士2人，外籍院士3人，国家海外高层次人才引进计划5人，国家级高层次人才21人，国家高层次人才特殊计划8人，其他入选国家及省部级人才计划90余人次。拥有国家级、省部级创新团队10支。
依托实验室成功申报四个教育部“111”引智计划，以及“中荷水研究中心”、“中美全球变化与水循环联合研究中心”等发挥联合研究和国际合作的优势，与美国、法国、德国、荷兰、澳大利亚、日本等国家的相应学术机构建立了合作关系，开展水问题联合研究平台的建设和交流，与国外专家共同承担国际合作项目，开展实质性国际合作。2017年“全球变化与水循环国际合作联合实验室”获教育部立项建设。近五年，实验室承办大型国际会议共计32。84人次在重要国际会议做特邀报告。16人次在国际学术期刊担任编委、副编委。
实验室已建有4个公共实验平台（水文水资源基本规律实验平台、水生态与水环境实验平台、水文模拟与公共信息资源实验平台、同位素水文实验平台）、5个实验大厅（河口海岸综合治理试验厅、水环境综合治理实验厅、河口航道综合实验厅、水动力学环境模拟综合试验厅和水工新材料试验厅）、7个野外试验研究基地（新安江水文综合实验研究基地、滁州流域水文生态实验研究基地、铁心桥试验研究基地、昆山灌排试验研究基地、玛多野外观测站、五道沟水文试验研究基地、新马桥农水综合试验研究基地），组成的功能齐全、设备先进的一流试验模拟平台和野外观测基地。新建成了面积达5万平米的“189大型室内试验基地”和“新安江流域野外试验基地”,正在建设高原寒区实验室和西藏昌都野外观测实验站等重要设施。近五年，投入基地建设与仪器设备购置费7850万元，其中仪器设备更新改造经费3686万元，小型基建项目4164万元。实验平台现拥有47台（套）50万元以上大型仪器设备，固定总资产达到5297万元，其中近五年内新增16台（套）大型仪器设备。
作为国家科技创新体系的重要组成部分，水文水资源与水利工程国家重点实验室以新时期国家水安全战略需求为导向，积极践行“节水优先、空间均衡、系统治理、两手发力”新时期治水方针，充分发挥多学科交叉融合优势，系统开展水资源、水生态、水环境、水灾害等领域的基础、应用基础研究和关键技术创新，构建从源头创新到成果转化的“产学研用”深度融合链条，取得了一大批国际领先水平的原创性成果。实验室已成为保障国家水安全的核心智库和引领全球水问题研究的国际一流研究基地。
水文水资源与水利工程科学国家重点实验室网站链接：http://hydro-lab.hhu.edu.cn/